پگ معده بوستون برای تشخیص بیماری‌های معده مانند التهاب معده، زخم معده، قرحه، قارچی شدن معده و حتی سرطان معده مورد استفاده قرار می‌گیرد. این روش همچنین به منظور تعیین دقیق تحرکات و عملکرد معده و اندازه و شکل آن نیز استفاده می‌شود.